第一重門：欺詐
始于年初的“欺詐門”把馬云第一次推到了風口浪尖上。2011年2月21號，阿里巴巴B2B公司發布公告稱，在過去的兩年里，2326名阿里巴巴網站的中國供應商會員涉嫌欺詐國際買家，并且有近100名阿里巴巴員工卷入其中；為維護公司客戶第一的價值觀及誠信原則，2010年阿里巴巴清理了超過千名涉嫌欺詐的中國供應商客戶，公司CEO衛哲、COO李旭暉也因此引咎辭職。
但人們對于馬云的鐵面無私卻似乎并不買賬，有人說馬云清理中國供應商實際上是為了掩飾公司增長乏力；“逼”走衛哲是要警示雅虎自己對阿里巴巴有絕對控制權；還有人說，衛哲離開只是因為公司內部利益之爭。
面對傳聞，馬云回應稱衛哲的辭職無關利益分配、內部斗爭，只是承擔違背誠信后應有的責任。
這件事情一旦確定是真的，真有99名員工涉及到這個事情的話，解決的方案只有一條，一定有人為此付出代價，而承擔99個員工的話，最大的代價一定是CEO。
而對于衛哲的離開，馬云形容那種痛猶如斷去一只手臂：
馬云：這種難過，我相信所有有過戀愛，有過親情的人都明白。我今天早上還說，跟人打架的時候，卸了一條手臂，痛，但不會痛過你把一條好好的手臂砍了，那是更痛。那種難過不知道你們有沒有體驗過，我反正是覺得，這一個月，這種難受我11年以來沒有那么難受過，因為失去的是親情。資源企業家是少，但這些都是可以培養。
第二重門：股權轉移
馬云將衛哲的離開稱為自己在阿里巴巴最大的痛，但現在看來，馬云當時的結論似乎有些為時過早，隨后紛紛擾擾的支付寶股權轉移風波也讓他頗費了一番腦筋。
2011年5月12號，雅虎向美國證監會提交報告稱：馬云將支付寶阿里巴巴管理層在未獲董事會授權的情況下，轉移了支付寶，掀起了支付寶轉移風波。之后，雅虎又曝出支付寶總轉讓價格僅為3.3億元。雅虎此舉成功引來外媒甚至國內媒體對馬云違背契約精神的一致聲討。同時，雅虎與軟銀對馬云單方面終止三方協議控制始終耿耿于懷。后來據馬云解釋，三方分歧可簡單歸結為：在央行做出企業必須申請許可證的有關規定后，雅虎與軟銀希望以三方協議控制方式繞過監管獲取牌；而馬云認為通過這種模式來獲取牌照屬違規行為，并稱自己的做法“不完美，但唯一正確”。
馬云：不完美，但是此時此刻唯一正確的決定。
馬云意指單方面取消三方協議控制雖有違約之嫌，卻100%遵守了國家法律。
馬云：第一，必須百分之百的合法；第二，必須百分之百的透明，這些事情有一天會公布于天下的；第三，必須保障支付寶公司能夠健康持續的運營。
最終支付寶事件以簽署“支付寶的控股公司承諾在上市時予以阿里巴巴集團一次性的現金回報”的協議暫告段落。這場看似純粹的股權轉讓風波讓雅虎和阿里巴巴糾葛多年的矛盾徹底公開化，從而不得不讓人懷疑，馬云是否想借支付寶獲得牌照之機，從阿里巴巴剝離出核心資產以贖回雅虎所持股份。
第三重門：圍攻
如果說前兩次的劫難只給馬云造成了皮外傷，那年末的“圍攻淘寶”事件卻狠狠傷害了馬云的心——那些與他一起將自己拱上神壇的中小賣家反戈相擊，一度讓馬云身心俱疲，在直言“心悴”，想要放棄。
為了阿里巴巴的發展和淘寶網的上市，馬云在2011年10月終于做出了“艱難抉擇”，剔除那些他認為會影響企業發展的不良因素。2011年10月10號，淘寶商城宣布，2012年原來每年6000元的技術服務費提高至3萬元與6萬元兩檔；建立“商家違約責任保證金”制度，收取保證金1萬元~15萬元。根據淘寶商城的原計劃，這一新規則從2011年12月20號起實施。但此舉直接導致了長達一周的“圍攻淘寶”事件，甚至到年底，“反淘寶行動”仍未停息。
馬云覺得委屈，淘寶因假貨云集備受各界詬病，實施新規又引來中小商戶一致不滿。淘寶以免費與便宜模式孕育了無數大小網商的同時，出現魚龍混雜、假貨、欺詐的現象實難避免。馬云對此態度很堅決：新規是為了避免商城重蹈此前的欺詐丑聞、提升平臺信用，為商城贏得更多可持續發展的原動力和競爭籌碼：
馬云表態：我們不會為原則退半步，什么是我們的原則，維護的誠信，打擊假貨，請大家記住，假如你在淘寶上面的服務是倒數10%群體里面，我們不會給任何政策支持！
最終事件以淘寶作出部分讓步而告一段落。10月17號，淘寶宣布對老商戶新的年費繳納標準延期一年實施等五項“妥協措施”。但實際上這場“戰役”沒有贏家。中小賣家身心俱疲，而淘寶的商業道德也再次受到拷問。
有評論認為，一方面，“淘寶商城事件”反映出馬云在發展戰略的思路調整，但另一方面，資本的作用也開始凸顯：淘寶即將上市，支付寶完全擺脫了雅虎的控制，而回購阿里巴巴的股權迫在眉睫。淘寶新規對于保證金的大幅度提高，是為了收購雅虎做準備？淘寶商城回籠資金的明顯舉措，是在為淘寶網上市或淘寶商城獨立上市進行準備？ 而這一切只能等待馬云自己來回答了……
12年的歷程，白手起家的馬云用自己的睿智和遠見，讓億萬網民感受到草根的活力、平民的想象力與創造力，以及開放包容的重要性。在去年年底美國《華爾街日報》評選出的2012年全球最值得關注的12位企業領袖中，馬云與蘋果公司的新任掌門人庫克、日本豐田公司總裁豐田章男等著名企業老總一同入選，他讓全球互聯網產業對中國有了新的理解和認識。2012年，馬云是否還將讓我們有更多的期待……
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